Les zones humides ont toujours été un élément important à Frasne au cours de l'histoire. Dans ses Recherches historiques sur l'arrondissement et la ville de Pontarlier, l'historien Bourgon écrivait en 1841 :

"Le village de Frâne est placé sur une éminence d'où les eaux coulent dans tous les sens : sur son territoire se trouvait un étang, dit de Chenol, maintenant désséché ; la chaussée fut acensée en 1432. On remarque aussi sur le territoire de ce village l'Etang-Vieux ou du Moulin-de-Chiérel, les Moulins-Vieux, les Moulins-Neufs, le Moulin-de-Paray et la Scie-Besancenet.Il y a encore un étang et le Lac-de-l'Ecoulant.

Vers le XIe siècle, le village de Frasne a commencé à se développer vers le marais de l'Écouland, jadis un lac. L'ancienne église était d'ailleurs située au milieu de l'actuel cimetière,

Au cours du Moyen Age, l'importance des étangs et des cours d'eau n'avait pas échappé aux Chalon-Arlay et à l'abbaye de Mont-Sainte-Marie puisqu'ils possédaient les étangs et les moulins construits le long du Lhotaud (ou Noirbief), un petit cours d'eau qui sort de l'étang de Frasne pour aller se jeter dans le Drugeon.

Au milieu du XVIIIe siècle, les habitants de Frasne commencent à extraire la tourbe des marais. Cette exploitation durera jusque dans les années 1950.

Actuellement les zones humides bénéficient d'une grande protection. En 1974, la commune de Frasne a créé une réserve naturelle volontaire de 176 ha 70 a 30 ca. Elle comprend une partie du Forbonnet, la marais de l'Ecouland, le marais du Toureau (ou de l'Ebrenne) et les Levresses. En 2003, cette réserve est devenue une réserve régionale.